هرچند آثار و اشیای موزه‌ای کاخ‌موزه‌های این مجموعه پیش‌تر با هدف صیانت از میراث‌فرهنگی کشور جمع‌آوری و به مخازن امن منتقل شده بود، اما موج انفجارهای متعدد موجب وارد آمدن آسیب‌های جدی به برخی بناهای تاریخی این مجموعه شده است.