زندگی خصوصی لی یونگ ئه همیشه دور از حواشی زرد و پاپاراتزی‌ها بوده است. در اوت ۲۰۰۹، او در یک مراسم کاملاً خصوصی و مخفیانه در ایالات متحده، با «جونگ هو یونگ» ازدواج کرد. این ازدواج به دلیل تفاوت سنی ۲۰ ساله (همسرش متولد ۱۹۵۱ است) و هویت مرموز شوهرش مدتی در صدر اخبار بود.

جونگ هو یونگ یک بازرگان و تاجر موفق کره‌ای-آمریکایی است که در صنایع دفاعی و تکنولوژی فعالیت می‌کند. حاصل این ازدواج، یک جفت دوقلوی دختر و پسر (جونگ سونگ-بین و جونگ سونگ-کوان) است که در سال ۲۰۱۱ به دنیا آمدند. لی یونگ ئه پس از تولد فرزندانش، حدود یک دهه از دنیای بازیگری فاصله گرفت تا وقت خود را صرف تربیت آن‌ها و زندگی در خانه‌ای روستایی در منطقه «یانگ پیونگ» کند؛ جایی که به گفته خودش، آرامش واقعی را در آنجا یافته است.