برخلاف بسیاری از هنرمندان که زندگی خصوصی‌شان پر از حاشیه است، سعید آقاخانی یکی از پایدارترین زندگی‌های مشترک را در میان سلبریتی‌ها دارد. او سال‌ها پیش با خانم گلرخ حقیقی که اهل شیراز است ازدواج کرد.

ثمره این ازدواج دو دختر به نام‌های خورشید (متولد ۱۳۷۴) و دریا (متولد ۱۳۸۰) است. آقاخانی در مصاحبه‌هایش با لحنی شوخ و در عین حال جدی، بارها از وابستگی شدید خود به دخترانش گفته است. او به شوخی می‌گوید که اصلاً دوست ندارد داماددار شود و طاقت دوری دخترانش را ندارد. گلرخ حقیقی، همسر وی، اگرچه کمتر در محافل رسانه‌ای ظاهر می‌شود، اما همواره به عنوان حامی اصلی او در پروژه‌های سنگین کارگردانی یاد شده است. جالب است بدانید که دختر کوچک او، دریا، در برخی پروژه‌ها نظیر سریال «اسباب زحمت» تجربه بازیگری در کنار پدرش را داشته است.