سید مجتبی خامنه ای، فرزند دوم آیتالله سید علی خامنهای، رهبر شهید انقلاب اسلامی، در سال ۱۳۴۸ در مشهد متولد شد. او در خانوادهای مذهبی و فرهنگی رشد کرد و از دوران جوانی در فعالیتهای مذهبی و سیاسی حضور داشت.
و تحصیلات دبیرستان خود را در مدرسه علوی گذراند. نخستین استادان دروس حوزوی او، سید محمود هاشمی شاهرودی و پدرش بودند. او در سال ۱۳۷۸ برای تحصیلات حوزوی وارد حوزه علمیه قم شد و در کلاسهای درس مصباح یزدی، سید محسن خرازی و لطفالله صافی گلپایگانی حضور یافت. او داماد غلامعلی حداد عادل است.