آیفون 16e از تراشه‌ی A18 اپل بهره می‌برد که در سایر مدل‌های سری ۱۶ نیز به کار رفته است. 

یکی از تغییرات مهم در مقایسه با آیفون SE 3، استفاده از طراحی جدید با بریدگی نمایشگر (ناچ) و فناوری Face ID است که به حذف نهایی دکمه‌ی هوم منجر شده است. چنین تغییری باعث شده که آیفون 16e مشابه آیفون ۱۶ نمایشگری ۶٫۱ اینچی داشته باشد. از دیگر به‌روزرسانی‌های این مدل می‌توان به استفاده از درگاه USB-C و اضافه‌شدن دکمه‌ اکشن (Action Button) اشاره کرد.